سومین حرم اهل بیت در روز‌های پایانی ماه صفر سوگوار و عزادار است و ویژه برنامه‌هایی در این راستا در حرم مطهر شاهچراغ (ع) برنامه‌ریزی شده است.
ویژه برنامه‌های ایام سوگواری رحلت پیامبر اکرم (ص) شهادت امام حسن مجتبی (ع) و شهادت امام رضا (ع) در حرم مطهر شاهچراغ (ع) از روز پنجشنبه ۳۱ شهریورماه تا سه شنبه ۵ مهرماه در حرم مطهر شاهچراغ (ع) برگزار می‌شود.
این برنامه‌ها روز پنجشنبه با قرائت دعای کمیل توسط عباس حیدرزاده آغاز شده و ادامه این برنامه با دعای ندبه در صبح جمعه با قرائت عباس حیدرزاده همراه است. پس از آن همزمان با نماز مغرب و عشای روز جمعه سخنرانی مذهبی توسط حجت‌الاسلام حیدری کاشانی برگزار می‌شود.
سوگواری شب رحلت پیامبر اکرم (ص) و شهادت امام حسن مجتبی (ع) شنبه شب همزمان با نماز مغرب و عشا با سخنرانی حجت‌الاسلام حیدری کاشانی و مرثیه‌سرایی مهدی منصوری برگزار می‌شود.
در روز یکشنبه سوم مهرماه و همزمان با رحلت پیامبر و شهادت امام حسن مجتبی نیز دسته‌های عزادارای و هیئات مذهبی در ساعت ۱۰:۳۰ صبح در صحن و سرای حرم مطهر تجمع کرده و به عزاداری می‌پردازند.
در ادامه این برنامه‌ها سوگواری شام رحلت پیامبر اکرم و شهادت امام حسن مجتبی با مرثیه‌سرایی محمد شریف‌زاده و سخنرانی حجت‌الاسلام حیدری کاشانی همزمان با نماز مغرب و عشای روز یکشنبه سوم مهرماه در حرم مطهر برگزار می‌شود.
از دیگر برنامه‌های حرم مطهر در روز‌های پایانی ماه صفر برگزاری سوگواری شب شهادت امام رضا (ع) است که با سخنرانی حجت‌الاسلام حیدری کاشانی و مرثیه‌سرایی مهدی مختاری در روز دوشنبه چهارم مهرماه همزمان با نماز مغرب و عشا برگزار می‌شود.
حضور دسته‌های عزاداری و هیئات مذهبی در حرم مطهر در روز سه‌شنبه ۵ مهرماه ساعت ۱۰:۳۰ صبح برنامه‌ریزی شده که ویژه شهادت امام رضا به عزاداری می‌پردازند.
لاله‌گردانی خادمان حرم مطهر و شام غریبان شهادت امام رضا (ع) پایان بخش برنامه‌های حرم مطهر در پایان ماه صفر است که سه‌شنبه شب همزمان با نماز مغرب و عشا در حرم مطهر برگزار می‌شود.